Le prime testimonianze di vita sull’isola sono ascrivibili al Neolitico: sono stati recuperati frammenti di vasellame, rocchetti per la tessitura ed una macina, oltre a utensili in ossidiana che testimoniano l’inserimento di Capraia nella rotta che doveva congiungere Corsica e Sardegna con il continente. Successivamente si suppone che sia stata prima base navale etrusca e quindi sicuramente centro romano di controllo delle rotte in chiave anti – cartaginese. Nel periodo tardo antico, a partire dal IV secolo d.C., Capraia ospitò una comunità cristiana anacoreta che scelse di vivere in totale isolamento e quindi, nel corso del V secolo, vide l’avvicendarsi di monaci Zenobiti che introdussero la coltivazione della vite africana e costruirono il monastero di Santo Stefano.
A partire dal IX secolo d.C. Capraia fu scenario di continui scontri con i pirati e fu prima abbandonata per quasi due secoli, quindi rioccupata alternativamente dai pisani e dai pirati fino alla battaglia della Meloria del 1284, che ne sancì l’ingresso sotto l’orbita di influenza genovese. La città della Lanterna eresse a partire dal 1540 il sistema difensivo composto dalla fortezza di San Giorgio e dalle tre torri di avvistamento.
Dal 1873 al 1986 è stata sede di una colonia penale (Colonia Penale Agricola di Capraia). Oggi l’Isola di Capraia è un paradiso di serenità e pace, a contatto con la natura e con una storia millenaria.
Il Festival Elba Isola Musicale d’Europa, in collaborazione con il Festival Capraia Musica, organizza un concerto nella Chiesa di Sant’Antonio, costruita a partire dal 1660 dai Capraiesi per ospitare i frati Minori Osservanti di San Francesco, e recentemente restaurata.